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Tra il 1742 e il 1743 la collezione Cospi fu trasferita all’Istituto dell’Accademia delle Scienze, in quella che all’epoca si chiamava via San Donato (oggi via Zamboni). Il manoscritto, insieme ad altri manufatti mesoamericani delle collezioni Aldrovandi e Cospi, fu conservato nella Stanza delle Antichità insieme a oggetti egizi, greci e romani.
Prima del 1780 fu poi trasferito alla biblioteca dell’Istituto (antecedente dell’attuale Biblioteca Universitaria), dove fu osservato e brevemente descritto dal gesuita messicano in esilio Francisco Javier Clavigero.
