Essendo probabilmente circolato tra diverse famiglie bolognesi, il Codice Cospi finì nelle mani del conte Valerio Zani che, il 26 dicembre del 1665, lo donò al marchese Ferdinando Cospi, come attestato da un’iscrizione tracciata su una delle due coperte di pergamena che furono apposte al codice durante la sua permanenza a Bologna. Il manoscritto fu inizialmente registrato come un libro cinese sia sulla coperta che in un catalogo, pubblicato nel 1667, della collezione Cospi, collezione che conteneva diversi oggetti mesoamericani derivanti dal dono di Betanzos e che fu poi trasferita a Palazzo Pubblico.
Solo nel 1677 Lorenzo Legati lo riconobbe come un manoscritto messicano, correggendo l’iscrizione sulla coperta. Legati descrisse il codice in dettaglio nel Museo Cospiano (1677), dove si pubblicarono quattro xilografie che riproducevano dettagli del codice stesso. Il manoscritto fu in seguito registrato in un ulteriore inventario della collezione Cospi, pubblicato nel 1680.
